Михаил Евгеньевич Драгунов родился в семье конструктора-оружейника Евгения Фёдоровича Драгунова. В 1961 г. после окончания семи классов он поступил в Индустриальный техникум, по окончанию которого Михаил попал на инструментальное производство «Ижмаша». Но скоро тяга к оружию дала о себе знать, и он принял решение поступать в Ижевский механический институт на профильную специальность. Закончив в 1972 г. институт с красным дипломом, М.Е. Драгунов вернулся на «Ижмаш» в отдел главного конструктора и был принят в «охотничье» КБ-3.
Первая, порученная молодому конструктору работа, — чертёж приклада к карабину «Изюбр». «Изюбр» разрабатывался в ускоренном темпе, а проектом руководил Геннадий Николаевич Никонов (будущий конструктор АН-94 «Абакан»). Затем была работа под руководством Юрия Константиновича Александрова, непосредственного участника разработки СВД и «правой руки» Драгунова-старшего.
Вскоре в КБ началась проработка идеи 5,45-мм ручного пулемета с комбинированной подачей и Михаил Евгеньевич принял самое активное участие в этом проекте. Кстати, о существовании зарубежного «конкурента» - бельгийского пулемета Minimi специалисты КБ узнали намного позднее и небезынтересно, что та компоновка, к которой, в конечном счёте пришел ижевский коллектив, оказалась схожей с бельгийской. В общей сложности были сделаны четыре образца, из них два — относительно удачных. К сожалению, из-за неопределённого отношения к проекту со стороны военных в 1978 г. работы по пулемёту были прекращены.
После этого М.Е. Драгунов участвовал в работах по высокоэффективному автомату (впоследствии — тема «Абакан»), а затем в НИОКР по снайперской винтовке СВ К. В 1983 г. конструктор перешёл на преподавательскую работу в институт на кафедру «Проектирование автоматических машин», где проработал в общей сложности 10 лет, в 1993 г. получив учёное звание доцента.
За годы работы на кафедре через курс «Проектирование машин», который читал Михаил Евгеньевич Драгунов, прошло порядка 400 студентов, среди них немало инженеров, добившихся больших успехов на поприще разработки стрелкового оружия и занимающих ведущие должности на предприятиях российской оружейной промышленности.
Осенью 1989 г. М.Е. Драгунов стал экспертом отдела главного конструктора «Ижмеха» по анализу развития оружейной тематики. Задатки к этому были: кроме научной квалификации владение двумя иностранными языками (немецким и английским) плюс желание вновь окунуться в знакомую конструкторскую атмосферу.
В сентябре 1991 г., через месяц после смерти Е.Ф. Драгунова, начавшего на «Ижмехе» работу по доведению до серийного образца пистолета-пулемета ПП-71 («Кедр»), М.Е. Драгунов перешёл в 158-й отдел. Он провёл доработку ПП по результатам заводских и внешних испытаний в НИИ спецтехники и курировал постановку на производство на ЗМЗ в Златоусте. С 1995 г. Драгунов сосредоточился в основном на аналитической работе и в настоящее время является ведущим инженером группы предпроектных и маркетинговых исследований. Под руководством и по концепции М.Е. Драгунова на механическом заводе был разработан и выпускается малой серией карабин модульного типа МР-142.
Он активно сотрудничает с отечественными и зарубежными оружейными журналами, является членом Союза журналистов России.
В 2002 году в соавторстве с JI.E. Михайловым и И.Е. Дерюшевым Драгунов подготовил книгу «Ижевское спортивное оружие» — наиболее полное издание по истории и технике спортивного оружия «Ижмаша» и «Ижмеха», а 2009 г. стал соавтором учебного пособия «Проектирование пистолетов-пулеметов».